Tinggal di daerah kumuh sebuah kota kaya, Rudo dan ayah angkatnya, Regto, berusaha hidup berdampingan dengan para warga kota lainnya. Namun, Rudo sangat membenci gaya hidup boros para bangsawan. Meski sering diperingatkan, Rudo tetap nekat mengais sampah kota demi mencari barang-barang berguna atau berharga yang bisa diselamatkan dari “Abyss”—lubang raksasa tempat semua sampah, termasuk manusia yang dianggap tak berguna, dibuang. Ayah kandung Rudo juga pernah dibuang ke sana setelah dituduh melakukan pembunuhan.
Suatu hari, sepulang dari bertemu sosok misterius, Rudo menemukan Regto tergeletak sekarat. Saat itu juga, dia ditangkap di tempat kejadian dan dituduh sebagai pembunuhnya. Tak ada yang percaya ia tidak bersalah, dan akhirnya Rudo pun dibuang ke Abyss.
Namun, alih-alih mati, Rudo justru terbangun di tempat asing yang dipenuhi bau busuk dan monster-monster berbentuk sampah. Saat diserang, ia diselamatkan oleh seorang pria bernama Enjin, yang memperkenalkan dirinya sebagai seorang “Cleaner”—pembasmi monster menggunakan senjata khusus bernama Vital Instruments.
Demi membalas dendam atas kematian Regto, Rudo pun memutuskan untuk menjadi Cleaner dan bertarung demi bisa keluar dari Abyss dan mengungkap kebenaran.
