Tiga tahun setelah perang dimulai, Mahito Maki kehilangan ibunya dalam kebakaran tragis di rumah sakit. Tak lama kemudian, ayahnya menikah lagi dengan Natsuko, adik dari mendiang ibunya. Mereka membawa Mahito keluar dari Tokyo untuk mencari perlindungan di rumah keluarga ibunya di pedesaan. Di sana, Mahito terus-menerus diganggu oleh burung bangau abu-abu yang aneh, yang tampaknya tertarik padanya.
Tidak mampu menerima kehilangan ibunya dan kesulitan beradaptasi dengan kehidupan baru di tempat yang asing, Mahito dikejutkan dengan berita bahwa Natsuko sedang hamil. Hal ini semakin diperparah oleh fakta bahwa burung bangau tersebut bisa berbicara—dan mengklaim bahwa ibu Mahito masih hidup. Burung itu memancing Mahito menuju sebuah menara misterius di dekat tempat tinggal mereka dan berkata bahwa Mahito bisa menyelamatkan ibunya dari kematian, meskipun Mahito tidak mudah tergoda.
Ketika suatu hari Natsuko menghilang, Mahito melihatnya masuk ke dalam menara dan merasa terdorong untuk masuk demi menyelamatkannya. Dia segera menemukan dirinya terjatuh ke dunia lain yang berada di bawahnya, di mana kehidupan dan kematian tampak saling terjalin. Saat dia menavigasi dunia asing itu untuk menemukan Natsuko, Mahito harus memahami arti dari hidup jika ia ingin kembali dengan selamat ke rumah.
